Flynn tilsto i 2017 å ha løyet til FBI om sin kontakt med Russlands ambassadør i ukene før Trump ble innsatt.
I januar i år trakk han imidlertid tilståelsen. I forrige måned innstilte justisdepartementet på å henlegge saken, noe justisminister William Barr fastholdt var riktig.
Dommer Emmet Sullivan, som har ansvaret for saken mot Flynn, nektet å henlegge saken uten videre og hentet inn den tidligere føderale dommeren John Gleeson for å vurdere justisdepartementets uvanlige innblanding. Gleeson konkluderte med at departementets innblanding var grov maktmisbruk.
En føderal ankedomstol fastholdt imidlertid onsdag departementets vurdering og slår fast at saken mot Flynn skal henlegges.
1.100 tidligere statsadvokater er blant dem som har reagerte sterkt og som vil utfordre lovligheten av en henleggelse.
– Ønsket om henleggelse vil tilsynelatende tjene president Trumps personlige politiske interesser, snarere enn offentlighetens interesser, het det i et prosesskriv fra gruppen.
FBI har også innledet gransking av sin egen etterforskning av saken etter anklager fra Trump og hans støttespillere om at det føderale politiet lot seg bruke politisk.
