Beslutningen ble kunngjort i et presidentdekret sent fredag kveld.
Naci Agbal hadde forsøkt å få bukt med landets høye inflasjon ved å sette opp styringsrenten. Torsdag besluttet sentralbanken å skru opp rentenivået med 2 prosentpoeng til 19 prosent.
President Recep Tayyip Erdogan har flere ganger tatt til orde for at det er viktig å ha lav rente.
Ifølge nyhetsbyrået Anadolu er Sahap Kavcioglu, som er økonom og tidligere medlem i regjeringspartiet AKP, utnevnt som ny sentralbanksjef.
Agbal ble satt inn som sentralbanksjef i begynnelsen av november da Erdogan fjernet Murat Uysal fra stillingen. Uysal fikk da sparken etter en periode med høy inflasjon og fallende valutakurs.