En gransking av milliardærens tidligere forhold til den ansatte konkluderte med at det var upassende, sier folk som er kjent med saken til avisen.
I fjor varslet Bill Gates, som tidligere var verdens rikeste person, at han sluttet i Microsoft-styret for å vie tiden til veldedig arbeid.
Et advokatselskap hadde året før fått jobben med å undersøke forholdet etter at ingeniøren i Microsoft fortalte om det. Forholdet mellom henne og Gates skal ha vart i flere år.
Flere styremedlemmer mente det ikke lenger var passende at Microsoft-grunnleggeren satt i styret. Gates trakk seg før granskingen ble avsluttet, får Wall Street Journal opplyst.
En talsperson for Gates bekrefter at det var «en affære for nesten 20 år siden som endte i minnelighet», men legger til at hans beslutning om å trekke seg fra styret «på ingen måte var relatert til denne saken».
I starten av mai opplyste Bill og Melinda Gates at de skilles, men at de fortsatt vil drive stiftelsen de har opprettet sammen.